Les activités de la FECOF sont pilotées par un comité élu par l’assemblée générale pour une période de 5 ans. Le comité est composé d’un président, au côté duquel siègent plusieurs vice-présidents et un trésorier. Les activités courantes sont conduites par des conseillers techniques, avec des fonctions exécutives, depuis la France et l’Allemagne.